La maestría y la pasión con las que Carlos Prieto aborda su instrumento le han valido un sinnúmero de reconocimientos alrededor del mundo. Su larga relación con el arte y la música rusa le hicieron acreedor a la Medalla Pushkin, otorgada por el presidente de Rusia. En México recibió el Premio Nacional de Ciencias y Artes 2007. Es miembro de número de la Academia Mexicana de la Lengua, miembro honorario de la Academia Ecuatoriana de la Lengua y miembro titular del Seminario de Cultura Mexicana. Ha tocado los estrenos mundiales de un centenar de obras, casi todas dedicadas a él, y es autor de nueve libros.